Le "fort Saint-Pierre" et les guerres de religion

Malgré les répressions de la part des catholiques, Montpellier devient un foyer protestant de plus en plus fort au cours du XVIe siècle. Les positions se radicalisent en 1560 et, en juillet 1561, les assemblées protestantes somment les autorités catholiques de quitter la ville. Celles-ci résistent et transforment la cathédrale et les bâtiments canoniaux en un véritable camp retranché appelé « fort Saint-Pierre ».

Les protestants prennent d’assaut le monastère et pillent la cathédrale le 20 octobre 1561. Les assiégés sont en partie massacrés et le mobilier saccagé. Des traces de balles tirées depuis les hauteurs de la Canourgue sont encore visibles sur la façade Sud de la tour Urbain V. La profanation et le pillage d’une soixantaine de lieux de culte consacrent la mainmise des Réformés sur la ville.
 

La riposte catholique est menée en avril 1562 par le vicomte de Joyeuse (1520-1592), lieutenant pour le roi au gouvernement général de Languedoc, qui assiège la ville. Il est contré par le chef du parti réformé, Jacques de Crussol (1540-1584), qui fait de Montpellier une « citadelle protestante ». La paix d’Amboise, signée le 19 mars 1563, restitue la liberté des deux cultes. 

Après une brève trêve, des mouvements de violence éclatent et les catholiques, à nouveau réfugiés dans la cathédrale, subissent un second siège de 48 jours à l’automne 1567. La tour Saint-Benoît, au sud-est de la cathédrale, s’effondre, emportant avec elle une partie de la façade Sud, le porche et les deux premières travées de la nef. La cathédrale en partie détruite est à nouveau pillée. L’édifice est ensuite laissé à l’abandon et livré aux intempéries. Il reste dans cet état 73 années avant d’être restauré.
 

Le désir de paix des deux camps, épuisés par leurs luttes, ouvre une période de détente que semble confirmer la signature de l’édit de Saint-Germain en août 1570 permettant au régime dit de l’Union de se mettre en place : la liberté cultuelle est accordée aux catholiques et aux protestants avec un système d’alternance au gouvernement de la ville. En 1598, la proclamation de l’Edit de Nantes fait de Montpellier une place sûre protestante pendant près de vingt ans. 

Une nouvelle crise secoue la ville en 1621. Elle fut assez grave pour que le roi Louis XIII lui-même intervienne par les armes. Après un siège de deux mois, la ville se rend en octobre 1622 et devient officiellement catholique, sans pour autant chasser les protestants.